Цитологія і генетика 2026, том 60, № 5, 44-47
Cytology and Genetics , том , № , , doi: https://www.doi.org/

Development of target-specific machine learning models for in silico prediction of antidiabetic phytocomplex components

Maiula T.H., Skrypchuk V.I., Kotey I.M., Hachkova H.Ya., Sybirna N.O., Yarmoluk S.M.

  1. Institute of Molecular Biology and Genetics, NAS of Ukraine, 150 Akademika Zabolotnoho St., Kyiv, Ukraine, 03143
  2. Ivan Franko National University of Lviv, 4 Hrushevskoho St., Lviv, Ukraine, 79005
  3. DR. SKRYPCHUK «Herbal Medicine», 2B Hertsena St., Chernivtsi, Ukraine, 58003

РЕЗЮМЕ. Розробити та валідувати таргет-специфічні моделі машинного навчання для in silico прогнозування багатотаргетної біологічної активності природних сполук, важливих для патогенезу цукрового діабету 2 типу (ЦД2), а також застосувати їх для скринінгу компонентів багатокомпонентної рослинної суміші. Було побудовано чотирнадцять класифікаційних моделей LightGBM з ізотонічним калібруванням імовірностей для прогнозування активності щодо таргетів із п’яти категорій, пов’язаних із патогенезом ЦД2: антидіабетичних (DPP-4, PPARγ, PTP1B), протизапальних (COX-2, 5-LOX, TNF-α), антиоксидантних (Keap1, ксантиноксидаза), антигіпертензивних (рецептор AT1, PDE5, ренін) та гіполіпідемічних (CETP, синтаза жирних кислот, PPARα). Набори даних для навчання було отримано з бази даних ChEMBL (pIC50 ≥ 6,0, активні; ≤ 5,0, неактивні). Кожну молекулу описували за використання 2225 ознак: 10 фізико-хімічних дескрипторів, ключів MACCS (167 бітів) та відбитків Моргана (ECFP4, 2048 бітів). Хімічний склад 11 рослин було визначено методами ГХ-МС та РХ-МС. Усі 14 моделей показали ROC-AUC у діапазоні 0,917–0,994 (середнє значення 0,965), F1 – 0,923–0,986 та MCC – 0,570–0,891. Валідація з використанням еталонних препаратів підтвердила правильну ідентифікацію інгібіторів, що застосовуються в клінічній практиці. Скринінг 11 рослин виявив профілі додаткової активності: протизапальна активність переважала у м’яті, орегано та бузині; антидіабетична активність – у V. uliginosum та V. myrtillus. Запропонований таргет-специфічний підхід дозволяє виявити біологічну активність рослинних комплексів щодо багатьох мішеней цукрового діабету 2 типу та сприяє раціональній розробці фітокомпозицій.

Ключові слова: in silico, машинне навчання, цукровий діабет 2 типу, рослинний комплекс, таргет-специфічні моделі, LightGBM

Цитологія і генетика
2026, том 60, № 5, 44-47

Current Issue
Cytology and Genetics
, том , № , ,
doi:

Повний текст та додаткові матеріали

Цитована література