Построены трехмерные модели комплексов растительных FtsZ-белков, локализирующихся в цитозоле и хлоропластах, с молекулами ГДФ. В качестве матрицы использовали кристаллическую структуру комплекса FtsZ-GDP из архебактерии Methanococcus jannaschii (PDB-код 1FsZ). Показано, что вторичные структуры смоделированных белков содержат по десять цепей, однако у модели FtsZ-белка внутрихлоропластной локализации имеются десять α- и четыре 310-спирали, у цитозольного FtsZ-белка наблюдаются девять и три соответствующие структуры и отсутствуют а0 α-спираль перед нуклеотид-связывающим доменом и С-концевая 310-спираль во вторичном домене. Петля Т2 нуклеотид-связывающего кармана хлоропластной формы белка в позиции 49 содержит незаряженный аланин вместо заряженных остатков, характерных в аналогичной позиции для цитозольного и бактериального белков. При незначительной гомологии последовательностей FtsZ-белков (частичная гомология на уровне 47 %) построенные модели демонстрируют высокий уровень совпадения структуры с матрицей как в области нуклеотид-связывающего кармана, так по всей молекуле в целом и пригодны для дальнейших исследований по выявлению возможных сайтов связывания с динитроанилиновыми гербицидами.
Ключові слова:
