ISSN 0564-3783  



Головна
Контакти
Архів  
Тематика журналу
Підписка
До уваги авторів
Редколегія
Мобільна версія


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Complete chloroplast genome of Psammochloa villosa (Poaceae), a pioneer grass endemic to sand dunes in northwest China

Y. Liu, T. Lv, X. Su, Zh. Ren

Оригінальна работа 




Psammochloa villosa – це багаторічна трава (Poaceae), яка росте у пісках північно-західного Китаю та має надзвичайно велику екологічну та генетичну цінність. Для вивчення, характеризації і філогенетичного аналізу повного хлоропластного (cp) геному Psammochloa villosa ми спочатку секвенували і порівняли його з іншими хлоропластними геномами в межах Poaceae у цьому дослідженні. Результати продемонстрували, що розміри хлоропластного геному P. villosa були 135 541 п.н., і він мав високий вміст A + T – 61,2 %, та типову чотиристоронню структуру з довгими (LSC, 80 272 п.н.) і короткими (SSC, 12 453 п.н.) унікальними ділянками, розділеними двома копіями інвертованих повторів (IR, по 21 408 п.н. кожна). Ми зробили успішну анотацію 134 генів, включаючи 79 білок-кодуючих генів, 42 генів тРНК і 10 генів рРНК. 42 з цих генів знаходяться в ділянках інвертованих повторів. Крім того, ми створили філогенетичне дерево на основі 40 послідовностей хлоропластного геному, яке вказує на тісніший зв’язок P. villosa з іншими видами рослин у підродині Pooideae.

Ключові слова: повний хлоропластний геном; Psammochloa villosa; Poaceae; філогенетичний аналіз; північно-західний Китай

Цитологія і генетика 2020, том 54, № 6, C. 73-74

  1. Key Laboratory of Medicinal Plant and Animal Resources in the Qinghai-Tibet Plateau, School of Life Science, Qinghai Normal University, Xining 810008, China
  2. Key Laboratory of Education Ministry of Environments and Resources in the Qinghai-Tibet Plateau, School of Life Science, Qinghai Normal University, Xining 810008, China
  3. School of Life Science, Shanxi University, Taiyuan 030006, China

E-mail: xusu8527972 126.com; zmren sxu.edu.cn

Y. Liu, T. Lv, X. Su, Zh. Ren Complete chloroplast genome of Psammochloa villosa (Poaceae), a pioneer grass endemic to sand dunes in northwest China, Цитологія і генетика., 2020, том 54, № 6, C. 73-74.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
Y. Liu, T. Lv, X. Su & Zh. Ren Complete Chloroplast Genome of Psammochloa villosa (Poaceae), a Pioneer Grass Endemic to Sand Dunes in Northwest China, Cytol Genet., 2020, vol. 54, no. 6, pp. 582–587
DOI: 10.3103/S0095452720060079


Посилання

1. Gray, J.C., Genetic manipulation of the chloroplast genome, Biotechnology, 1989, vol. 12, no. 14, pp. 317–335.

2. Howe, C.J., Barbrook, A.C., Koumandou, V.L., Nisbet, R.E., and Symington, H.A., Evolution of the chloroplast genome, Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci., 2003, vol. 358, no. 1429, pp. 99–107.

3. Jansen, R.K., Cai, Z.Q., Raubeson, L.A., Daniell, H., Depamphilis, C.W., Leebens-Mack, J., Müller, K.F., Guisinger-Bellian, M., Haberle, R.C., Hansen, A.K., Chumley, T.W., Lee, S.B., Peery, R., McNeal, J.R., Kuehl, J.V., and Boore, J.L., Analysis of 81 genes from 64 plastid genomes resolves relationships in angiosperms and identifies genome-scale evolutionary patterns, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2007, vol. 104, no. 49, pp. 19369–19374.

4. Odintsova, M.S. and Yurina, N.P., Chloroplast genomics of land plants and algae, in Biotechnological Applications of Photosynthetic Protein: Biochips, Biosensors and Biodevices, US: Springer, 2006, pp. 57–72.

5. Yin, Z.B., Genus Psammochloa, in Flora of Inner Mongolia, Ma, Y.Q., Ed., Hohhot: Inner Mongolia People Press, 1994, vol. 15, pp. 115–152.

6. Liu, Y.X., Flora in Desertis Reipublicae Populorum Sinarum, Beijing: Sci. Press, 1985, vol. 1, p. 357.

7. Wu, Z.Y., Wang, S., and Tong, F.Q., The extinct danger of the Procapra przewalskii, Endanger. Spec. Sci. Newslett., 2003, vol. 2, p. 10.

8. Dong, M., A La, T.B., Xing, X.R., and Wang, Q.B., Genet features and ramet population features in the rhizomatous grass species Psammochloa villosa, Chin. J. Plant Ecol., 1999, vol. 23, no. 4, pp. 302–310.

9. Dong, M., Effects of severing rhizome on clonal growth in rhizomatous grass species Psammochloa villosa and Leymus secalinus, Acta Bot. Sin., 1999, vol. 41, no. 2, pp. 194–198.

10. Huang, Z.Y., Adaptation strategies of seed dormancy and germination of Psammochloa villosa, a sand dune grass inhabiting Ordos Plateau, China, Acta Bot. Boreal–Occident Sin., 2003, vol. 23, no. 7, pp. 1128–1133.

11. Wang, K.Q., Ge, S., and Dong, M., Allozyme variance and clonal diversity in the rhizomatous grass Psammochloa villosa (Gramineae), Acta Bot. Sin., 1999, vol. 41, no. 5, pp. 537–540.

12. Li, A. and Ge, S., Genetic variation and clonal diversity of Psammochloa villosa (Poaceae) detected by ISSR markers, Ann. Bot., 2001, vol. 87, no. 5, pp. 585–590.

13. Xu, Z.X., He, X.L., Guo, H.J., and Zhao, L.L., AM fungi colonization and soil factors of Psammochloa villosa (Trin.) Bor and Hedysalum laeve Min. in farming-pastoral area of Inner Mongolia, J. Hebei Agric. Univ., 2011, vol. 34, no. 1, pp. 56–61.

14. Doyle, J.J. and Doyle, J.L., Isolation of plant DNA from fresh tissue, Focus, 1990, vol. 12, no. 1, pp. 13–15.

15. Bolger, A.M., Lohse, M., and Usadel, B., Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data, Bioinformatics, 2014, vol. 30, no. 15, pp. 2114–2120.

16. Zerbino, D.R. and Birney, E., Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs, Genome Res., 2008, vol. 18, no. 5, pp. 821–829.

17. Lohse, M., Drechsel, O., Kahlau, S., and Bock, R., Organellar Genome DRAW—a suite of tools for generating physical maps of plastid and mitochondrial genomes and visualizing expression data sets, Nucleic Acids Res., 2013, vol. 41, pp. W575–W581.

18. Katoh, K. and Standley, D.M., MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability, Mol. Biol. Evol., 2013, vol. 30, no. 4, pp. 772–780.

19. Swofford, D.L., PAUP*: Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and other methods), ver. 4, Sunderland, MA: Sinauer Associates, 2002.

20. Stamatakis, A., RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies, Bioinformatics, 2014, vol. 30, no. 9, pp. 1312–1313.

Copyright© ICBGE 2002-2021 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 24.09.21