In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b

Flyak A.I., Pavlova M.V., Gilchuk P.V.

Оригінальна работа 

[Free Full Text (pdf)]

Проведен in silico анализ структуры последовательностей ДНК, кодирующих специфические к интерферону b1b и α 2b человека (rhIFN- β 1b, rhIFN- α 2b) одноцепочечные антитела (ScFv – single-chain Fv): определены V, D и J сегменты, границы антиген-связывающих (CDR) и каркасных (FR) участков, n-нуклеотиды, а также величина мутационных процессов, которые имели место при аффинном дозревании последовательностей in vivo. Для представителей панели ScFv против rhIFN- β1b, изолированных из иммунной комбинаторной библиотеки кДНК V-генов, показана уникальность участка CDRH3 как по длине, так и по аминокислотному составу. Множественное выравнивание с ближайшими гомологами базы данных NCBI показало, что полученные нами последовательности ScFv являются новыми.

Ключові слова: Cеквенирование ДНК, ScFv, вариабельные домены, CDR, анализ in silico

Цитологія і генетика 2009, том 43, № 1, C. 54-60

• National Taras Shevchenko University of Kyiv, Ukraine
• Institute of Molecular Biology and Genetics NAS of Ukraine, Kyiv

E-mail: gilchuk ukr.net, flyaka mail.ru

Flyak A.I., Pavlova M.V., Gilchuk P.V. In silico analysis of the structure of variable domains of mouse single-chain antibodies specific to the human recombinant interferon β1b, Цитологія і генетика., 2009, том 43, № 1, C. 54-60.