ISSN 0564-3783  



Головна
Контакти
Архів  
Тематика журналу
Підписка
До уваги авторів
Редколегія
Мобільна версія


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Association of SLC30A8, CDKAL1, TCF7L2 and HHEX gene polymorphisms with type 2 diabetes in the population of north east India

Bhowmick A., Sarkar P., Baruah M.P., Bodhini Dh., Radha V., Mohan V., Banu S.

Реферат статті 




РЕЗЮМЕ. Нараз Індія займає друге місце у світі за кількістю осіб, що хворіють на діабет. Отже, важливо дослідити генетичні варіації серед населення Індії, аби зрозуміти обсяги генетичної гетерогенності. Ми вивчали асоціацію генетичних варіацій чотирьох генів-кандидатів [SLC30A8 (rs11558471), CDKAL1 (rs94655871), TCF7L2 (rs12255372) та HHEX (rs1111875)] з розвитком цукрового діабету 2 типу (T2D) у населення північно-східної Індії, дані щодо яких обмежені. ДНК отримали від 155 осіб, що хворіють на діабет, та 100 осіб контрольної групи без діабету. Генотипування виконували за допомогою полімеразно-ланцюгової реакції-поліморфізму довжин рестрикційних фрагментів (PCR-RFLP). Логістичний регресивний аналіз було застосовано з метою виявлення асоціації між генетичними варіантами та цукровим діабетом. Генотип CT rs9465871 (CDKAL1 ген) продемонстрував значний захист від розвитку цукрового діабету [OR = 0,39 (0,17–0,91), p = 0,029] порівняно з генотипом CC навіть після коригування в розрізі віку, статі та ІМТ. Під час аналізу на рецесивній моделі генотип GG rs1111875 (HHEX ген) також продемонстрував значний захист від розвитку цукрового діабету [OR = 0,38 (0,18–0,82), p = 0,014] порівняно з генотипами AA+AG. Обидва ці результати втратили свою значимість після застосування порогу Бонферонні в p = 0,0041. Існує значна варіативність у схемі асоціації цих генів з розвитком цукрового діабету серед населення північно-східної Індії порівняно з іншими етнічно та географічно різноманітними групами населення Індії.

Ключові слова: гіперглікемія; генетика; цукровий діабет; північно-східна Індія

Цитологія і генетика 2020, том 54, № 2, C. 74-76

  1. Department of Bioengineering and Technology, Gauhati University, Assam – 781014, India
  2. Excelcare Hospitals, Ulubari, Guwahati – 781035, India

    Department of Molecular Genetics, Madras Diabetes Research Foundation, Chennai, Tamil Nadu – 600086, India

  3. Department of Diabetology, Madras Diabetes Research Foundation and Dr. Mohan's Diabetes Specialities Centre, Chennai, Tamil Nadu – 600086, India

E-mail: sofiabanu2 gmail.com, ananya.benazir gmail.com, purabisarkar7 gmail.com, manashb2 gmail.com, bodhinid gmail.com, radharv yahoo.co.in, drmohans diabetes.ind.in

Bhowmick A., Sarkar P., Baruah M.P., Bodhini Dh., Radha V., Mohan V., Banu S. Association of SLC30A8, CDKAL1, TCF7L2 and HHEX gene polymorphisms with type 2 diabetes in the population of north east India, Цитологія і генетика., 2020, том 54, № 2, C. 74-76.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
A. Bhowmick, P. Sarkar, M. P. Baruah, D. Bodhini, V. Radha, V. Mohan & S. Banu Association of SLC30A8, CDKAL1, TCF7L2 and HHEX Gene Polymorphisms with Type 2 Diabetes in the Population of North East India, Cytol Genet., 2020, vol. 54, no. 2, pp. 165–172
DOI: 10.3103/S0095452720020036


Посилання

1. Shaw, J., Sicree, R., and Zimmet, P., Global estimates of the prevalence of diabetes for 2010 and 2030, Diabetes Res. Clin. Pract., 2010, vol. 87, pp. 4–14. https://doi.org/10.1016/j.diabres.2009.10.007

2. Guariguata, L., Whiting, D.R., Hambleton, I., Beagley, J., Linnenkamp, U., and Shaw, J.E., Global estimates of diabetes prevalence for 2013 and projections for 2035, Diabetes Res. Clin. Pract., 2014, vol. 103, no. 2, pp. 137–149. https://doi.org/10.1016/j.diabres.2013.11.002

3. Cho, N.H., Shaw, J.E., Karuranga, S., Huang, Y., da Rocha Fernandes, J.D., Ohlrogge, A.W., and Malanda, B., IDF Diabetes Atlas: global estimates of diabetes prevalence for 2017 and projections for 2045, Diabetes Res. Clin. Pract., 2018, vol. 138, pp. 71–81.https://doi.org/10.1016/j.diabres.2018.02.023

4. Herder, C. and Roden, M., Genetics of type 2 diabetes: pathophysiologic and clinical relevance, Eur. J. Clin. Invest., 2011, vol. 41, no. 6, pp. 679–692. https://doi.org/10.1111/j.1365-2362.2010.02454.x

5. Mohan, V., Sandeep, S., Deepa, R., Bela, S., and Cherian, V., Epidemiology of type 2 diabetes: Indian scenario, Indian J. Med. Res. 11 GLM, 2007, vol. 125, pp. 217–230. http://www.icmr.nic.in/ijmr/2007/march/0302.pdf.

6. Fawwad, A., Rashid, K., and Basit, A., Genetics of type 2 diabetes mellitus—Asian perspective (a review), Turk. JEM, 2017, vol. 21, pp. 52–59.

7. Misbah, M., Masood, A., Showkat, A.K., Hameed, I., and Ganai, B.A., Association of Pro12Ala polymorphism of peroxisome proliferator-activated receptor gamma 2 (PPARc2) gene with type 2 diabetes mellitus in ethnic Kashmiri population, Biochem. Gene, 2017, vol. 55, pp. 10–21. https://doi.org/10.1007/s10528-016-9765-6

8. Han, X., Luo, Y., Ren, Q., Zhang, X., Wang, F., Sun, X., Zhou, X., and Ji, L., Implication of genetic variants near SLC30A8, HHEX, CDKAL1, CDKN2A/B, IGF2BP2, FTO, TCF2, KCNQ1, and WFS1 in type 2 diabetes in a Chinese population, BMC Med. Genet., 2010, vol. 11, p. 81. https://doi.org/10.1186/1471-2350-11-81

9. Dehwah, M., Wang, M., and Huang, Q., CDKAL1 and type 2 diabetes: a global meta-analysis, Genet. Mol. Res., 2010, vol. 9, pp. 1109–1120. https://doi.org/10.4238/vol9-2gmr802

10. Bodhini, D., Chidambaram, M., Liju, S., Prakash, V.G., Gayathri, V., Shanthirani, C.S., Ranjith, U., Anjana, R.M., Mohan, V., and Radha, V., Association of TCF7L2 polymorphism with diabetic nephropathy in the South Indian population, Ann. Hum. Genet., 2015, vol. 79, pp. 373–379. https://doi.org/10.1111/ahg.12122

11. Phani, N., Guddattu, V., and Bellampalli, R., Population specific impact of genetic variants in KCNJ11 gene to type 2 diabetes: a case-control and meta-analysis study, PLoS One, 2014, vol. 9. e107 021. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0107021

12. Kristensen, P.L., Pedersen-Bjergaard, U., Due-Andersen, R., Høi-Hansen, T., Grimmeshave, L., Lyssenko, V., Groop, L., Holst, J.J., Vaag, A.A., and Thorsteinsson, B., Impact of the TCF7L2 genotype on risk of hypoglycaemia and glucagon secretion during hypoglycaemia, Endocr. Connect., 2016, vol. 5, no. 6, pp. 53–60. https://doi.org/10.1530/EC-16-0050

13. Chidambaram, M., Radha, V., and Mohan, V., Replication of recently described type 2 diabetes gene variants in a South Indian population, Metabolism, 2010, vol. 59, pp. 1760–1766. https://doi.org/10.1016/j.metabol.2010.04.024

14. Chauhan, G., Spurgeon, C.J., Tabassum, R., Bhaskar, S., Kulkarni, S.R., Mahajan, A., Chavali, S., Kumar, M.K., Prakash, S., Dwivedi, O.P., and Ghosh, S., Impact of common variants of PPARG, KCNJ11, TCF7L2, SLC30A8, HHEX, CDKN2A, IGF2BP2, and CDKAL1 on the risk of type 2 diabetes in 5,164 Indians, Diabetes, 2010, vol. 59, pp. 2068–2074. https://doi.org/10.2337/db09-1386

15. Sambrook, J., Fritsch, E.F., and Maniatis, T., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Nova York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012.

16. Huang, Q., Merriman, C., Zhang, H., and Fu, D., Coupling of insulin secretion and display of a granule-resident Zinc transporter ZnT8 on the surface of pancreatic beta-cells, J. Biol Chem., 2017, vol. 292, no. 10, pp. 4034–4043. https://doi.org/10.1074/jbc.M116.772152

17. Xu, J., Wang, J., and Chen, B., SLC30A8 (ZnT8) variations and type 2 diabetes in the Chinese Han population, Genet. Mol. Res., 2012, vol. 11, no. 2, pp. 1592–1598. https://doi.org/10.4238/2012.May.24.1

18. Seman, N.A., Mohamud, W.N.W., Östenson, C.G., Brisma, K., and Gu, H.F., Increased DNA methylation of the SLC30A8 gene promoter is associated with type 2 diabetes in a Malay population, Clin. Epigenetics, 2015, vol. 7, p. 30. https://doi.org/10.1186/s13148-015-0049-5

19. Imaizumi, M., Yoshida, M., Aoyagi, K., Saito, T., Okamura, T., Takenaka, H., Akimoto, Y., Nakamichi, Y., Takanashi-Yanobu, R., Nishiwaki, C., and Kawakami, H., Deletion of CDKAL1 affects mitochondrial ATP generation and first-phase insulin exocytosis, PLos One, 2010, vol. 5. e15 553. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015553

20. Ryoo, H., Woo, J., Kim, Y., and Lee, C., Heterogeneity of genetic associations of CDKAL1 and HHEX with susceptibility of type 2 diabetes mellitus by gender, Eur. J. Hum. Genet., 2011, vol. 19, pp. 672–675. https://doi.org/10.1038/ejhg.2011.6

21. Miyaki, K., Oo, T., Song, Y., Lwin, H., Tomita, Y., Hoshino, H., Suzuki, N., and Muramatsu, M., Association of a cyclin-dependent kinase 5 regulatory subunit-associated protein 1-like 1 (CDKAL1) polymorphism with elevated hemoglobin A1c levels and the prevalence of metabolic syndrome in Japanese men: interaction with dietary energy intake, Am. J. Epidemiol., 2010, vol. 172, pp. 985–991. https://doi.org/10.1093/aje/kwq281

22. Saxena, R., Voight, F., Lyssenko, V., Burtt, N.P., de Bakker, P.I., Chen, H., Roix, J.J., Kathiresan, S., Hirschhorn, J.N., Daly, M.J., and Hughes, T.E., Genome-wide association analysis identifies loci for type 2 diabetes and triglyceride levels, Science, 2007, vol. 316, pp. 1331–1336. https://doi.org/10.1126/science.1142358

23. Plengvidhya, N., Chanprasert, C., Chongjaroen, N., Yenchitsomanus, P.T., Homsanit, M., and Tangjittipokin, W., Impact of KCNQ1, CDKN2A/2B, CDKAL1, HHEX, MTNR1B, SLC30A8, TCF7L2, and UBE2E2 on risk of developing type 2 diabetes in Thai population, BMC Med. Genet., 2018, vol. 19, no. 1, p. 93. https://doi.org/10.1186/s12881-018-0614-9

24. Tuerxunyiming, M., Mohemaiti, P., Wufuer, H., and Tuheti, A., Association of rs7754840 G/C polymorphisms in CDKAL1 with type 2 diabetes: a meta-analysis of 70 141 subjects, Int. J. Clin. Exp. Med., 2015, vol. 8, no. 10, pp. 17 392–17 405.

25. Wu, Y., Li, H., Loos, R.J., Yu, Z., Ye, X., Chen, L., Pan, A., Hu, F.B., and Lin, X., Common variants in CDKAL1, CDKN2A/B, IGF2BP2, SLC30A8, and HHEX/IDE genes are associated with type 2 diabetes and impaired fasting glucose in a Chinese Han population, Diabetes, 2008, vol. 57, pp. 834–842. https://doi.org/10.2337/db08-0047

26. Engelbrechtsen, L., Hansen, T.H., Mahendran, Y., Pyl, P., Andersson, E., Jonsson, A., Gjesing, A., Linneberg, A., Jørgensen, T., Hansen, T., and Vestergaard, H., Homozygous carriers of the TCF7L2 rs7903146 T-allele show altered postprandial response in triglycerides and triglyceride-rich lipoproteins, Sci. Rep., 2017, vol. 7, p. 43 128. https://doi.org/10.1038/srep43128

27. Lin, P.C., Lin, W.T., Yeh, Y.H., and Wung, S.F., Transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) rs7903146 polymorphism as a risk factor for gestational diabetes mellitus: a meta-analysis, PLoS One, 2016, vol. 11, no. 4. e0 153 044. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0153044

28. Wang, J., Zhang, J., Li, L., Wang, Y., Wang, Q., Zhai, Y., You, H., and Hu, D., Association of rs12255372 in the TCF7L2 Gene with T2D mellitus: a meta-analysis, Braz. J. Med. Biol. Res. 2013, vol. 46, pp. 382–393. https://doi.org/10.1590/1414-431X20132677

29. Florez, J., Jablonski, K., Bayley, N., Pollin, T.I., de Bakker, P.I., Shuldiner, A.R., Knowler, W.C., Nathan, D.M., and Altshuler, D., TCF7L2 polymorphisms and progression to diabetes in the Diabetes Prevention Program, N. Engl. J. Med., 2007, vol. 355, pp. 241–250. https://doi.org/10.1056/NEJMoa062418

30. Chan, J., Malik, V., Jia, W., Kadowaki, T., Yajnik, C.S., Yoon, K.H., and Hu, F.B., Diabetes in Asia: epidemiology, risk factors, and pathophysiology, JAMA, 2009, vol. 78, pp. 2132–2134. https://doi.org/10.1001/jama.2009.726

31. Hussain, H., Ramachandran, V., Ravi, S., Sajan, T., Ehambaram, K., Gurramkonda, V.B., Ramanathan, G., and Bhaskar, L.V., TCF7L2 rs7903146 polymorphism and diabetic nephropathy association is not independent of type 2 diabetes—a study in a south Indian population and meta-analysis, Endokrynol. Polska, 2014, vol. 65, no. 4, pp. 298–305. https://doi.org/10.5603/EP.2014.0041

32. Luo, Y., Wang, H., Han, X., Ren, Q., Wang, F., Zhang, X., Sun, X., Zhou, X., and Ji, L., Meta-analysis of the association between SNPs in TCF7L2 and type 2 diabetes in East Asian population, Diabetes Res. Clin. Pract., 2009, vol. 85, pp. 139–146. https://doi.org/10.1016/j.diabres.2009.04.024

33. Pourahmadi, M., Erfanian, S., Moradzadeh, M., and Jahromi, A.S., Non-association between rs7903146 and rs12255372 polymorphisms in transcription factor 7-like 2 gene and type 2 diabetes mellitus in Jahrom City, Iran, Diabetes Metab. J., 2015, vol. 39, no. 6, pp. 512–517. https://doi.org/10.4093/dmj.2015.39.6.512

34. Demirsoy, I.H., Aras, M., and Cinkır, U., TCF7L2 rs7903146 gene variation is associated with risk of type 2 diabetes in Turkish population, J. Clin. Med. Genom., 2016, vol. 4, p. 1. https://doi.org/10.4172/2472-128X.1000141

35. Lu, C.C., Chen, Y.T., Chen, S.Y., Hsu, Y.M., Lin, C.C., Tsao, J.W., Juan, Y.N., Yang, J.S., and Tsai, F.J., Hematopoietically expressed homeobox gene is associated with type 2 diabetes in KK Cg-Ay/J mice and a Taiwanese Han Chinese population, Exp. Ther. Med., 2018, vol. 16, no. 1, pp. 185–191. https://doi.org/10.3892/etm.2018.6152

36. Qian, Y., Lu, F., Dong, M., Lin, Y., Li, H., Chen, J., Shen, C., Jin, G., Hu, Z., and Shen, H., Genetic variants of IDE-KIF11-HHEX at 10q23.33 associated with type 2 diabetes risk: a fine-mapping study in Chinese population, PLoS One, 2012, vol. 7, no. 4. e35 060. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0035060

37. Uma, J., Subburaj, K., Jayaraj, M., Irgam, K., Kotla, J.P., Velaga, L., and Reddy, B.M., Association of CDKAL1, CDKN2A/B & HHEX gene polymorphisms with type 2 diabetes mellitus in the population of Hyderabad, India, Indian J. Med. Res., 2016, vol. 143, pp. 455–463. https://doi.org/10.4103/0971-5916.184303

Copyright© ICBGE 2002-2021 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 24.09.21