ISSN 0564-3783  



Головна
Контакти
Архів  
Тематика журналу
Підписка
До уваги авторів
Редколегія
Мобільна версія


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Genetic diversity and population structure analysis of landrace and wild relatives of lentil germplasm using CBDP marker

J. Sarvmeili, A. Saidi, N. Farrokhi, M. Pouresmael, R. Talebi

Оригінальна работа 




РЕЗЮМЕ. Оцінка генетичної різноманітності і структури популяції колекцій зародкової плазми надає селекціонерам можливість виводити нові вдосконалені сорти. У цьому дослідженні було оцінено генотипну мінливість 90 генотипів сочевиці за допомогою 10 CBDP-маркерів (CAAT Box Derived Polymorphism). Відсоток поліморфізму складав 100 % з середнім значенням 100 %, що вказує на високий рівень поліморфізму. Всього було ідентифіковано 117 алелів для різних генетичних локацій, в середньому по 13 алелів на праймер. Серед використаних CBDP-маркерів найбільший ампліфікований алель належав маркеру CBDP22 з 21 смужками, і найменший ампліфікований алель відповідав маркерам CBDP3, CBDP6 і CBDP13 з 11 смужками. Індекс поліморфності (PIC) був у діапазоні від 0,413 до 0,471 з середнім значенням 0,448. Індекс інформативності маркерів (MI) був у діапазоні від 4,85 до 9,90. Найвищий показник генетичного різноманіття (PIC та MI) стосувався CBDP22, що вказує на високу чутливість цього маркера порівняно з іншими. Генотипи були згруповані у п’ять окремих груп на основі групування молекулярних даних за методом приєднання. Аналіз структури популяції продемонстрував найвищий пік при K=3, що вказує на наявність трьох основних кластерів. Результати цього дослідження показали можливість використання CBDP маркерів як корисного інструменту у вивченні генетичної різноманітності зародкової плазми сочевиці.

Ключові слова: сочевиця, генетична різноманітність, CBDP маркер, індекс поліморфності (PIC), кластерний аналіз

Цитологія і генетика 2020, том 54, № 6, C. 68-69

  1. Department of Plant Sciences and Biotechnology, Faculty of Life Sciences and Biotechnology, Shahid Beheshti University, G.C. Tehran, Iran
  2. Department of Cell and Molecular Biology, Faculty of Life Sciences and Biotechnology, Shahid Beheshti University, G.C, Tehran, Iran
  3. Seed and Plant Improvement Institute, Agricultural Research Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran
  4. Department of Agronomy & Plant Breeding, College of Agriculture Islamic Azad University, Sanandaj Branch Sanandaj Iran

E-mail: abbas.saidi gmail.com

J. Sarvmeili, A. Saidi, N. Farrokhi, M. Pouresmael, R. Talebi Genetic diversity and population structure analysis of landrace and wild relatives of lentil germplasm using CBDP marker, Цитологія і генетика., 2020, том 54, № 6, C. 68-69.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
J. Sarvmeili, A. Saidi, N. Farrokhi, M. Pouresmael & R. Talebi Genetic Diversity and Population Structure Analysis of Landrace and Wild Relatives of Lentil Germplasm Using CBDP Marker, Cytol Genet., 2020, vol. 54, no. 6, pp. 566–573
DOI: 10.3103/S0095452720060092


Посилання

1. Alabboud, I., Szilagyi, L., and Roman, G.H.V., Assessment of genetic diversity in lentil (Lens culinary Medik) as revealed by RAPD markers, Sci. Pap., USAMV Bucharest, Ser. A, 2009, vol. LII.

2. Vicente, Joana G., Conway, J., Roberts, S.J., and Taylor, J.D., Identification and origin of Xanthomonas campestris pv. campestris races and related pathovars, Phytopathology, 2001, 91, no. 5, 492–499.

3. Upadhyaya, H. D., and Ortiz, R., A mini core subset for capturing diversity and promoting utilization of chickpea genetic resources in crop improvement, Theor. Appl. Genet., 2001, vol. 102, no. 8, pp. 1292–1298.

4. Ghafoor, A., Sharif, A., Ahmad, Z., Zahid, M.A., and Rabbani, M.A., Genetic diversity in blackgram (Vigna mungo L. Hepper), Field Crops Res., 2001, vol. 69, no. 2, pp. 183–190.

5. Baldwin, S., Pither-Joyce, M., Wright, K., Chen, L., and McCallum, J., Development of robust genomic simple sequence repeat markers for estimation of genetic diversity within and among bulb onion (Allium cepa L.) populations, Mol. Breed., 2012, vol. 30, no. 3, pp. 1401–1411.

6. Feghhi, S.M.A., Norouzi, P., Saidi, A., Zamani, K. and Amiri, R. Research Article Identification of SCAR and RAPD markers linked to Rz1 gene in Holly sugar beet using BSA and two genetic distance estimation methods, Electr. J. Plant Breed, 2012, vol. 3, no. 1, pp. 598–605.

7. Altıntas, S., Toklu, F., Kafkas, S., Kilian, B., Brandolini, A., and Özkan, H., Estimating genetic diversity in durum and bread wheat cultivars from Turkey using AFLP and SAMPL markers, Plant Breed. 2008, vol. 127, no. 1, pp. 9–14.

8. Fatehi, R., Talebi, R. and Fayyaz, F., Characterization of Iranian landrace wheat accessions by inter simple sequence repeat (ISSR) markers, J. Appl. Environ. Biol. Sci., 2011, vol. 1, no. 10, pp. 432–436.

9. Hajibarat, Z., Saidi, A., Hajibarat, Z., and Talebi, R, Genetic diversity and population structure analysis of landrace and improved chickpea (Cicer arietinum) genotypes using morphological and microsatellite markers, Environ. Exp. Biol., 2014, vol. 12, pp. 161–166.

10. Saidi, A., Eghbalnegad, Y., and Hajibarat, Z., Study of genetic diversity in local rose varieties (Rosa spp.) using molecular markers, Banats J. Biotechnol., 2017, vol. 8, pp. 148–157.

11. Singh, A.K., Rana, M.K., Singh, S., Kumar, S., Kumar, R, and Singh, R, CAAT box-derived polymorphism (CBDP): a novel promoter-targeted molecular marker for plants, J. Plant Biochem. Biotechnol., 2014, vol. 23, no. 2, pp. 175–183.

12. Etminan, A., Pour-Aboughadareh, A., Mohammadi, R., Noori, A., and Ahmadi-Rad, A., Applicability of CAAT box-derived polymorphism (CBDP) markers for analysis of genetic diversity in durum wheat, Cereal Res. Commun., 2018, vol. 46, no. 1, pp. 1–9.

13. Hajibarat, Z., Saidi, A., Hajibarat, Z. and Talebi, R., Characterization of genetic diversity in chickpea using SSR markers, start codon targeted polymorphism (SCoT) and conserved DNA-derived polymorphism (CDDP), Physiol. Mol. Boil. Plants, 2015, vol. 21, no. 3, pp. 365–373.

14. Lassner, M.W., Peterson, P., and Yoder, J.I., Simultaneous amplification of multiple DNA fragments by polymerase chain reaction in the analysis of transgenic plants and their progeny, Plant Mol. Biol. Repr., 1989, vol. 7, no. 2, pp. 116–128.

15. Lynch, M. and Walsh, J.B., Genetics and Analysis of Quantitative Traits, Sunderland, MA: Sinauer Associates Inc., 1998.

16. Yeh, F.C., Yang, R.C., Boyle, T.B.J., Ye, Z.H., and Mao, J.X., POPGENE, the User Friendly Shareware for Population Genetic Analysis, Edmonton: Mol. Biol. Biotechnol. Center. Univ. Alberta, 1997.

17. Pritchard J.K., Stephens M., and Donnelly, P., Inference of population structure using multilocus genotype data, Genetics, 2000, vol. 155, pp. 945–959.

18. Evanno, G., Regnaut, S., and Goudet, J., Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study, Mol. Ecol., 2005, vol. 14, no. 8, pp. 2611–2620.

19. Paterson A.H., Tanksley S.D., and Sorrells, M.E., DNA markers in plant improvement, Adv. Agron., 1991, vol. 46, pp. 39–90.

20. Collard, B.C.Y., Mackill, D.J., Conserved DNA-derived polymorphism (CDDP): a simple and novel method for generating DNA markers in plants, Plant Mol. Biol. Rep., 2009, vol. 27, no. 4, p. 558.

21. Saidi, A., Daneshvar, Z., and Hajibarat, Z., Comparison of genetic variation of Anthurium (Anthurium andraeanum) cultivars using SCoT, CDDP and RAPD markers, Plant Tiss. Cult. Biotechnol., 2018, vol. 28, no. 2, pp. 171–182.

22. Singh, A.K., Rana, M.K., Singh, S., Kumar, S., Kumar, R., and Singh, R., CAAT box-derived polymorphism (CBDP): a novel promoter-targeted molecular marker for plants, J. Plant Biochem. Biotechnol., 2014, vol. 23, no. 2, pp. 175–183.

23. Heikrujam, M., Kumar, J., and Agrawal, V., Genetic diversity analysis among male and female Jojoba genotypes employing gene targeted molecular markers, Start Codon Targeted (SCoT) polymorphism and CAAT Box Derived Polymorphism (CBDP) markers, Meta Gene, 2015, vol. 5, pp. 90–97.

24. Tiwaria, G., Singha, R., Singha, N., Roy, Choudhurya, D., Paliwala, R., Kumarb, A., and Gupta., V., Study of arbitrarily amplified (RAPD and ISSR) and gene targeted (SCoT and CBDP) markers for genetic diversity and population structure in Kalmegh (Andrographis paniculata (Burm. f.) Nees), Industr. Crops Prod., 2016, vol. 86, pp. 1–11.

Copyright© ICBGE 2002-2021 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 24.09.21