Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma

Kavsan V.M., Dmitrenko V.V., Shostak K.O., Bukreieva T.V., Vitak N.Y., Simirenko O.E., Malisheva T.A., Shamayev M.I., Rozumenko V.D., Zozulyay.A.

Оригінальна работа 

[Free Full Text (pdf)]

Для выявления маркеров глиобластомы мы сравнили экспрессию генов в глиобластоме и нормальном головном мозге, используя вэб-сайт SAGE Genie, и сравнили полученные результаты с опубликованными данными. Девять SAGE-библиотек глиобластом и пять SAGE-библиотек нормального головного мозга были проанализированы с использованием программы Digital Gene Expression Displayer (DGED), результаты DGED были проверены нозерн-гибридизацией и ОТ-ПЦР произвольно отобранных генов. Обзор имеющихся данных из статей по профилированию экспрессии генов гибридизацией микрочипов показал 35 общих генов с повышенной экспрессией в глиобластоме. Некоторые из них были выявлены в четырех работах, однако большинство генов обнаружено только в трех или даже в двух исследованиях. Имеются различия и в результатах исследований с использованием техники SAGE. Метод DGED выявил 676 дифференциально экспрессирующихся генов с более чем двукратным изменением экспрессии в глиобластоме и P ≤ 0.05. Дифференциальная экспрессия отобранных генов, выявленных DGED, была подтверждена нозерн-гибридизацией и ОТ-ПЦР. Всего только 118 из 955 генов, представленных в опубликованных работах, были среди генов, обнаруженных DGED. Сравнение результатов анализа микрочипов и SAGE затруднено тем, что авторы показывают только наиболее представительные дифференциально экспрессирующиеся гены, однако даже имеющиеся данные по анализу микрочипов плохо перекрываются между собой. Некоторые различия между результатами, полученными SAGE в различных исследованиях, могут быть объяснены высокой зависимостью от используемых статистических расчетов. Наилучшим решением при поиске молекулярных опухолевых маркеров сейчас может быть сравнение всех имеющихся данных и отбор только тех генов, существенная экспрессия которых в опухолях комбинируется с очень низким уровнем экспрессии в нормальной ткани и репродуцируется в нескольких работах. Общие для двух методов 118 генов могут быть включены в список кандидатов для молекулярного типирования глиобластом. Некоторые гены, кодирующие белки поверхности клеток или экстраклеточные белки, могут быть мишенями при иммунотерапии глиом.

Цитологія і генетика 2007, том 41, № 1, C. 36-55

E-mail: kavsan imbg.org.ua

Kavsan V.M., Dmitrenko V.V., Shostak K.O., Bukreieva T.V., Vitak N.Y., Simirenko O.E., Malisheva T.A., Shamayev M.I., Rozumenko V.D., Zozulyay.A. Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma, Цитологія і генетика., 2007, том 41, № 1, C. 36-55.