РЕЗЮМЕ. Повний мітохондріальний геном (мітогеном) галових попелиць Schlechtendalia peitan, що вражають сумах (Rhus) у Китаї, було отримано за допомогою скімінгу геному методом «дробовика» на платформі Illumina. Повний мітогеном S. peitan має довжину 15 494 п.н. і високий вміст A+T – 84,1 %. Цей мітогеном складається з 13 генів, що кодують білок, 22 тРНК генів, двох рРНК генів і контрольної ділянки. Всі гени, що кодують білок, починаються з типового ATN кодону й закінчуються TAA кодоном, за винятком COX1, ND4 і ND5, що мають одного T. Довжина 22 тРНК перебуває в діапазоні від 59 до 72 п.н., і кожну передбачено як вторинну структуру у формі листка конюшини, окрім тРНК-Ser (AGN), яка втрачає дигідроуридинову петлю (DHU). Найбільш вірогідне філогенетичне дерево попелиць Fordini, побудоване за використання 13 генів, що кодують білок, і двох тРНК, продемонструвало, що S. peitan є сестринською кладою для клади, утвореної двома видами – Schlechtendalia chinensis і Nurudea ibofushi.
Ключові слова: галові попелиці, що вражають сумах (Rhus); Schlechtendalia peitan; мітохондрія, геном
Повний текст та додаткові матеріали
Цитована література
Bankevich, A., Nurk, S., Antipov, D., et al., SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing, J. Comput. Biol., 2012, vol. 19, pp. 455–477. https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021
Favret, C., (2021) Aphid Species File. Version 5.0/5.0. Cited July 17, 2021. http://Aphid.SpeciesFile.org.
Lohse, M., Drechsel, O., Kahlau, S., et al., OrganellarGenomeDRAW—a suite of tools for generating physical maps of plastid and mitochondrial genomes and visualizing expression data sets, Nucleic Acids. Res., 2013, vol. 41, pp. W575–W581. https://doi.org/10.1093/nar/gkt289
Lowe, T.M. and Chan, P.P., tRNAscan-SE On-line: integrating search and context for analysis of transfer RNA genes, Nucleic Acids. Res., 2016, vol. 44, pp. W54–W57. https://doi.org/10.1093/nar/gkw413
Ren, Z.M., Harris, A.J., Dikow, R.B., et al., Another look at the phylogenetic relationships and intercontinental biogeography of eastern Asian-North American Rhus gall aphids (Hemiptera: Aphididae: Eriosomatinae): Evidence from mitogenome sequences via genome skimming, Mol. Phylogenet. Evol., 2017, vol. 117, pp. 102–110. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2017.05.017
Ren, Z.M., Su, X., von Dohlen, C.D., et al., Nurudea zhengii Ren, a new species of the Rhus gall aphids (Aphididae, Eriosomatinae, Fordini) from eastern China, Pak. J. Zool., 2018, vol. 50, pp. 2087–2092. https://doi.org/10.17582/journal.pjz/2018.50.6.2087.2092
Ren, Z.M., von Dohlen, C.D., Harris, A.J., et al., Congruent phylogenetic relationships of Melaphidina aphids (Aphididae: Eriosomatinae: Fordini) according to nuclear and mitochondrial DNA data with taxonomic implications on generic limits, PLoS One, 2019, vol. 14, p. e0213181. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0213181
Stamatakis, A., RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies, Bioinformatics, 2014, vol. 30, pp. 1312–1313. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033
Wolstenholme, D.R., Animal mitochondrial DNA: structure and evolution, Int. Rev. Cytol., 1992, vol. 141, pp. 173–216. https://doi.org/10.1016/S0074-7696(08)62066-5
Zhang, G.X., Qiao, G.X., Zhong, T.S., et al., Fauna sinica insect, in Homoptera: Mindaridae and Pemphigidae, Beijing: Sci. Press, 1999, vol. 14.