Головна Контакти Архів   Тематика журналу Підписка До уваги авторів Редколегія Дестопна версія

The homologous identification of the stem rust resistance genes Rpg5, Adf3 and RGA1 in the relatives of barley

Ivaschuk B.V., Samofalova D.O., Pirko Ya.V., Fedak G., Blume Ya.B.

Оригінальна работа 

Ключові слова:

РЕЗЮМЕ. Гены ячменя Rpg5, RGA1 и Adf3, обеспечивающие устойчивость ко многим патотипам стеблевой ржавчины, клонированы несколько лет назад, но неизвестно имеются ли их гомологи в пшенице и других родственных видах. В настоящей работе представлены результаты биоинформационного поиска по определению гомологов Rpg5, RGA1 и Adf3 в геноме Triticum aestivum, а также геномах нескольких диких злаков, которые селекционеры обычно используют как источники устойчивости к бурой ржавчине и которые сейчас доступны в базах данных. Определено, что последовательность Q9FEC6 с Th. elongatum и последовательность Q43655 с T. aestivum являются високоидентичными гомологами белковой последовательности Adf3. Последовательность M8A999 с T. urartu и после-довательность W5FCU1 с T. aestivum оказались гомологами полной белковой последовательности Rpg5, но идентичность киназных доменов этих последовательностей ниже, чем для других доменов. Отдельный анализ киназной части Rpg5 не предоставил четких доказательств наличия ортологов Rpg5 среди других видов злаков. Последовательность M7ZZX9 с T. urartu, а также последовательности W5FFP0 и W5FI33 с T. aestivum оказались гомологами RGA1. Анализ активных сайтов позволил определить разницу между белковыми последовательностями Rpg5, RGA1, Adf3 и последовательностями их гомологов.

Гени ячменю Rpg5, RGA1 та Adf3, що забезпечують стійкість до багатьох патотипів стеблової іржі, були клоновані кілька років тому, але було невідомо чи наявні їхні гомологи в пшениці та інших споріднених видах. Дана робота представляє результати біоінформаційного пошуку по визначенню гомологів Rpg5, RGA1 та Adf3 в геномах Triticum aestivum та кількох диких злаків, які селекціонери зазвичай використовують як джерело стійкості до стеблової іржі і які наразі є доступними в базах даних. Визначено, що послідовність Q9FEC6 з Th. elongatum і послідовність Q43655 з T. aestivum є високоідентичними гомологами білкової послідовності Adf3. Послідовність M8A999 з T. urartu і послідовність W5FCU1 з T. aestivum виявились гомологами повної білкової послідовності Rpg5, але ідентичність кіназних доменів цих послідовностей є нижчою, ніж для інших доменів. Окремий аналіз кіназної частини Rpg5 не надав чітких доказів наявності ортологів Rpg5 серед інших видів злаків. Послідовність M7ZZX9 з T. urartu і послідовності W5FFP0 та W5FI33 з T. aestivum виявились гомологами RGA1. Аналіз активних сайтів дозволив визначити різницю між білковими послідовностями Rpg5, RGA1, Adf3 та послідовностями їх гомологів.

Цитологія і генетика 2016, том 50, № 2, C. 21-31

• Institute of Food Biotechnology and Genomics, NAS of Ukraine, Kyiv
• Eastern Cereal and Oilseed Research Centre, Agriculture and Agrifood Canada, Ottawa

E-mail: antutilo gmail.com, cellbio cellbio.freenet.viaduk.net

Ivaschuk B.V., Samofalova D.O., Pirko Ya.V., Fedak G., Blume Ya.B. The homologous identification of the stem rust resistance genes Rpg5, Adf3 and RGA1 in the relatives of barley, Цитологія і генетика., 2016, том 50, № 2, C. 21-31.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
B. V. Ivaschuk, D. O. Samofalova, Ya. V. Pirko, G. Fedak, Ya. B. Blume The homologous identification of the stem rust resistance genes Rpg5, Adf3 and RGA1 in the relatives of barley, Cytol Genet., 2016, vol. 50, no. 2, pp. 96-105
DOI: 10.3103/S0095452716020055