Цитологія і генетика 2016, том 50, № 3, 16-23
Cytology and Genetics 2016, том 50, № 3, 162–167, doi: https://www.doi.org/10.3103/S0095452716030087

Влияние артефактов пцр на эффективность генотипирования по микросателлитным локусам при использовании электрофореза в нативных полиакриламидных гелях

Кулибаба Р.А., Ляшенко Ю.В.

Государственная опытная станция птицеводства НААН Украины, Борки

Изучен вопрос образования различных типов артефак-тов в процессе амплификации при использовании разных классов молекулярно-генетических маркеров (Indel и SSR). Показано, что в процессе амплификации гетерозиготных образцов как фрагментов целевых генов, так и микросателлитов образуется гетеродуплексная ДНК. При проведении электрофореза в нативном полиакриламидном геле продуктов амплификации гомозиготных образцов по микросателлитным локусам обнаружены специфические дополнительные фрагменты, которые не относятся к классу гетеродуплексной ДНК. Очевидно, ополнительные фрагменты относятся к особому типу гомодуплексной ДНК – нелинейным гомодуплексам. Проведенный анализ выявил, что образование нелинейной гомодуплексной ДНК происходит на 20–25-м цикле ПЦР как при амплификации ДНК опытных образцов, так и вырезанных из геля отдельных фрагментов.

РЕЗЮМЕ. Вивчено питання утворення різних типів артефактів упродовж ампліфікації при використанні різних класів молекулярно-генетичних маркерів (Indel і SSR). Встановлено, що в процесі ампліфікації гетерозиготних зразків як фрагментів цільових генів, так і мікросателітів утворюється гетеродуплексна ДНК. При проведенні електрофорезу в нативному поліакриламідному гелі продуктів ампліфікації гомозиготних зразків за мікросателітними локусами виявлено специфічні додаткові фрагменти, які не належать до класу гетеродуплексної ДНК. Зроблено припущення, що додаткові фрагменти належать до особливого типу гомодуплексної ДНК – нелінійних гомодуплексів. Проведений аналіз виявив, що утворення нелінійної гомодуплексної ДНК відбувається на 20–25-му циклі ПЛР як при ампліфікації ДНК дослідних зразків, так і вирізаних із гелю окремих фрагментів.

Ключові слова: микросателлиты, инсерции, полимеразная цепная реакция, артефакты, гетеродуплексы, гомодуплексы
мікросателіти, інсерції, полімеразна ланцюгова реакція, артефакти, гетеродуплекси, гомодуплекси

Цитологія і генетика
2016, том 50, № 3, 16-23

Current Issue
Cytology and Genetics
2016, том 50, № 3, 162–167,
doi: 10.3103/S0095452716030087

Повний текст та додаткові матеріали

Цитована література