ISSN 0564-3783  



Головна
Контакти
Архів  
Тематика журналу
Підписка
До уваги авторів
Редколегія
Мобільна версія


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Биоинформационный поиск генов целлюлозосинтаз льна (Linum usitatissimum) и их филогенетический анализ

Пыдюра Н.А., Баер Г.Я., Галиновский Д.В., Емец А.И., Пирко Я.В., Подвицкий Т.А., Анисимова Н.В., Хотылева Л.В., Кильчевский А.В., Блюм Я.Б.

Оригінальна работа 




Проведен биоинформационный поиск последовательностей, кодирующих гены целлюлозосинтаз в геноме льна, а также их сравнение с ортологами двудольных растений. В результате осуществленного анализа обнаружено 32 гена-кандидата целлюлозосинтаз льна,16 из которых с высокой долей вероятности кодируют целлюлозосинтазы, а остальные 16 – белки, подобные целлюлозосинтазам (Csl). Филогенетический анализ продуктов генов целлюлозосинтаз позволил выделить шесть групп, объединяющих целлюлозосинтазы разных классов: CesA1/10, CesA3, CesA4, CesA5/6/2/9, CesA7 и CesA8. Паралогичные последовательности в составе классов CesA1/10 и CesA5/6/2/9, ассоцииро-ванные с формированием первичной клеточной стенки, характеризовались большей схожестью внутри данных классов, чем ортологичные последовательности. В то же время гены, контролирующие биосинтез целлюлозы вторичной клеточной стенки, образуют четко обособленные клады – CesA4, CesA7 и CesA8. Результаты анализа 16 отобранных генов-кандидатов целлюлозосинтаз льна свидетельствуют о том, что в геноме льна присутствуют как минимум 12 разных вариантов генов целлюлозосинтаз, которые представлены во всех шести кладах целлюлозосинтаз. Таким образом, на данный момент в геноме льна идентифицированы гены целлюлозосинтаз всех десяти известных классов CesA, однако их корректное отнесение требует дополнительных исследований.

РЕЗЮМЕ. Проведено біоінформаційний пошук послідовностей, що кодують гени целюлозосинтаз в геномі льону, а також їх порівняння з ортологами дводольних рослин. У результаті здійсненого аналізу виявлено 32 гени-кандидати целюлозосинтаз льону, 16 з яких із високою імовірністю кодують целюлозосинтази, а інші 16 – білки, подібні до целюлозосинтаз (Csl). Філогенетичний аналіз продуктів генів целюлозосинтаз дозволив виділити шість груп, що об’єднують целюлозосинтази різних класів: CesA1/10, CesA3, CesA4, CesA5/6/2/9, CesA7 і CesA8. Паралогічні послідовності у складі класів CesA1/10 і CesA5/6/2/9, які асоційовані з формуванням первинної клітинної стінки, характеризувалися більшою схожістю усередині цих класів, ніж ортологічні послідовності. У той же час гени, що контролюють біосинтез целюлози вторинної клітинної стінки, утворюють чітко відособлені клади – CesA4, CesA7 і CesA8. Результати аналізу 16 відібраних генів-кандидатів целюлозосинтаз льону свідчать про те, що в геномі льону наявні як мінімум 12 різних варіантів генів целюлозосинтаз, які представлені в усіх шести кладах целюлозосинтаз. Таким чином, на даний момент у геномі льону ідентифіковано гени целюлозосинтаз усіх десяти відомих класів CesA, проте їх коректне віднесення вимагає додаткових досліджень.

Ключові слова: целлюлозосинтазы, CesA, лен-долгунец, Linum usitatissimum, целлюлозосинтазоподобные белки

Цитологія і генетика 2015, том 49, № 5, C. 3-12

  • Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, Киев
  • Институт цитологии и генетики НАН Беларуси, Минск

E-mail: cellbio cellbio.freenet.viaduk.net

Пыдюра Н.А., Баер Г.Я., Галиновский Д.В., Емец А.И., Пирко Я.В., Подвицкий Т.А., Анисимова Н.В., Хотылева Л.В., Кильчевский А.В., Блюм Я.Б. Биоинформационный поиск генов целлюлозосинтаз льна (Linum usitatissimum) и их филогенетический анализ, Цитологія і генетика., 2015, том 49, № 5, C. 3-12.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
N. A. Pydiura , G. Ya. Bayer, D. V. Galinousky, A. I. Yemets, Ya. V. Pirko, T. A. Padvitski, N. V. Anisimova, L. V. Khotyleva, A. V. Kilchevsky, Ya. B. Blume Bioinformatic search for cellulose synthase genes in flax (Linum usitatissimum) and their phylogenetic analysis, Cytol Genet., 2015, vol. 49, no. 5, pp. 279-287
DOI: 10.3103/S0095452715050084


Copyright© ICBGE 2002-2021 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 21.10.21