Цитологія і генетика 2017, том 51, № 4, 3-12
Cytology and Genetics 2017, том 51, № 4, 239–246 , doi: https://www.doi.org/10.3103/S0095452717040053

Біоінформаційний пошук Са2+­ та кальмодулін­залежних протеїнкіназ, потенційно пов’язаних з регуляцією рослинного цитоскелета

Новожилов Д.О., Карпов П.А., Блюм Я.Б.

Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України, Київ

РЕЗЮМЕ. Представлены результаты биоинформационного поиска Са2+- и кальмодулин-зависимых протеинкиназ из Arabidopsis thaliana, которые могут принимать участие в регуляции цитоскелета. Отбор гомологов проведен на основании сходства с кальмодулин-зависимыми протеинкиназами из Homo sapiens и Mus musculus, влияющими на структуру и динамику цитоскелета. В общем были использованы последовательности каталитических доменов 41 животной протеинкиназы и 42 растительных гомологов. Ближайшие животные и растительные гомологи определены с помощью различных методов филогенетической кластеризации. В результате биоинформационного исследования растительные протеинкиназы CPK7, CPK14, CPK32, CPK17, CPK34, CPK20, CPK27, CPK16, CPK18, CPK28, CRK2, CRK4 и СRK6 отобраны как наиболее вероятные регуляторы цитоскелета растений.

Надано результати біоінформаційного пошуку Са2+- та кальмодулін-залежних протеїнкіназ з Arabidopsis thaliana, що можуть брати участь у регуляції цитоскелета. Відбір гомологів здійснено на підставі подібності до кальмодулін-залежних протеїнкіназ з Homo sapiens і Mus musculus, що впливають на структуру і динаміку цитоскелета. Загалом використано послідовності каталітичних доменів 41 тваринної протеїнкінази та 42 відомих рослинних гомологів. Найближчі тваринні та рослинні гомологи визначені за допомогою різних методів філогенетичної кластеризації. За результатами біоінформаційного дослідження рослинні протеїнкінази CPK7, CPK14, CPK32, CPK17, CPK34, CPK20, CPK27, CPK16, CPK18, CPK28, CRK2, CRK4 і СRK6 відібрані як найбільш імовірні регулятори цитоскелета рослин.

Ключові слова: протеинкиназа, CaMK, CDPK, CRK, цитоскелет, выравнивание, филогенетическое дерево
протеїнкіназа, CaMK, CDPK, CRK, цитоскелет, вирівнювання, філогенетичне дерево

Цитологія і генетика
2017, том 51, № 4, 3-12

Current Issue
Cytology and Genetics
2017, том 51, № 4, 239–246 ,
doi: 10.3103/S0095452717040053

Повний текст та додаткові матеріали

Цитована література