ISSN 0564-3783  



Головна
Контакти
Архів  
Тематика журналу
Підписка
До уваги авторів
Редколегія
Мобільна версія


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Characterization of the complete chloroplast genome of an endemic perennial grass Orinus intermedius and its phylogenetic analysis in Poaceae

Xu Su, Yuping Liu, Ting Lv, Zhumei Ren

 




РЕЗЮМЕ. Orinus intermedius – це багаторічна ендемічна рослина, що росте лише на південно-східному Цинхай-Тибетському нагір’ї. Вона має особливо цінні екологічні та генетичні властивості, а деякі її морфологічні характеристики присутні також у O. thoroldii та O. kokonoricus. У цьому дослідженні ми провели секвенування та формування її повного геному хлоропласту (cp) за допомогою платформи Illumina HiSeq4000 з подальшим обговоренням її характеристик та філогенетичної позиції цього виду рослин. Результати демонструють, що повний геном хлоропласту Ointermedius складається з 134 296 п.н. з високим вмістом AT – 61,6 %. Структура геному хлоропласту стандартної чотиристоронньої форми, яка містить пару інвертованого повтору (ІП, 21 024 п.н. кожен), відділену зонами невеликої унікальної копії (SSC, 12 478 п.н.) та великої унікальної копії (LSC, 79,770 п.н.). Він кодує 136 генів, включаючи 81 протеїн-кодуючий ген, 44 гени тРНК та вісім генів рРНК. Більшість цих генів зустрічаються як унікальна копія. Більше того, серед анотованих генів з геному хлоропласту O. intermedius немає генів, що містять інтрони. Філогенетичний аналіз на основі 41 послідовностей повного геному хлоропласту показав, що O. intermedius є сестринською філогенетичною гілкою гілки виду Eragrostis з Chloridoideae.

Ключові слова: Poaceae; Orinus intermedius; повний геном хлоропласту; філогенетичний аналіз; Цинхай-Тибетське нагір’я

Цитологія і генетика 2019, том 53, № 5, C. 90-91

  1. Key Laboratory of Medicinal Plant and Animal Resources in the Qinghai-Tibet Plateau, School of Life Science, Qinghai Normal University, Xining 810008, China
  2. Key Laboratory of Education Ministry of Environments and Resources in the Qinghai-Tibet Plateau, School of Life Science, Qinghai Normal University, Xining 810008, China
  3. School of Life Science, Shanxi University, Taiyuan 030006, China

E-mail: zmren sxu.edu.cn

Xu Su, Yuping Liu, Ting Lv, Zhumei Ren Characterization of the complete chloroplast genome of an endemic perennial grass Orinus intermedius and its phylogenetic analysis in Poaceae, Цитологія і генетика., 2019, том 53, № 5, C. 90-91.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
Xu Su, Yuping Liu, Ting Lv, Zhumei Ren Characterization of the Complete Chloroplast Genome of an Endemic Perennial Grass Orinus intermedius and Its Phylogenetic Analysis in Poaceae, Cytol Genet., 2019, vol. 53, no. 5, pp. 418–423
DOI: 10.3103/S0095452719050128


Copyright© ICBGE 2002-2020 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 06.08.20