РЕЗЮМЕ. Одинадцять маркерів низькокопійних ядерних генів було розроблено у цьому дослідженні за допомогою транскриптом роду Orinus Hitchc. (Poaceae), до якого входять три види трав, широко розповсюджених на Цинхай-Тібетському нагір’ї. Розроблені маркери були успішно ампліфіковані та секвеновані для 90 окремих рослин з дев’яти популяцій трьох видів Orinus. Послідовності ДНК для одинадцятьох локусів були в діапазоні від 606 до 1152 зв’язаних пар основ. Порівняно з чотирма перспективними маркерами ДНК-штрихкодування з наших попередніх досліджень, розроблені новітні маркери мали відносно вищу кількість змінних сайтів, ніж три спейсери пластом (7-20 проти 1-8), однак дещо нижчу у порівнянні з внутрішніми транскрибованими спейсерами (ITS). Таким чином, ці новітні пари праймерів низькокопійних ядерних генів були дуже корисними для вивчення філогеографії, філогенетичного аналізу і популяційної генетики. Окрім того, вони можуть бути корисними для реконструкції філогенезу і формування видів з широкого діапазону Orinus та навіть всього підколіна Tridentinae.
Ключові слова: Poaceae; Orinus; транскриптом; низькокопійний ядерний ген; праймер; секвенування нового покоління
Повний текст та додаткові матеріали
Цитована література
1. Qiu, Y.L., Lee, J., Bernasconi-Quadroni, F., Soltis, D.E., Solitis, P.S., Zanis, M., Zimmer, E.A., Chen, Z., Savolainen, V., and Chase, M.W., The earliest angiosperms: evidence from mitochondrial, plastid, and nuclear genomes, Nature, 1999, vol. 402, no. 6760, pp. 404–407.
2. Soltis, P.S., Soltis, D.E., and Chase, M.W., Angiosperm phylogeny inferred from multiple genes as a tool for comparative biology, Nature, 1999, vol. 402, no. 6760, pp. 402–404.
3. Crawford, D.J., Plant macromolecular systematics in the past 50 years: one view, Taxon, 2000, vol. 49, no. 3, pp. 479–501.
4. Rieseberg, L.H. and Soltis, D.E., Phylogenetic consequences of cytoplasmic gene flow in plants, Evol. Trends Plants, 1991, vol. 5, no. 1, pp. 65–84.
5. Soltis, P.S. and Soltis, D.E., Genetic variation in endemic and widespread plant species: examples from Saxifraga ceae and Polystichum (Dryopteridaceae), Aliso, 1991, vol. 13, no. 1, pp. 215–223.
6. Sang, T., Utility of low-copy nuclear gene sequences in plant phylogenetics, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol., 2002, vol. 37, no. 3, pp. 121–147.
7. Alvarez, I. and Wendel, J.F., Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference, Mol. Phylogenet. Evol., 2003, vol. 29, no. 3, pp. 417–434.
8. Su, X., Wu, G.L., Li, L.L., and Liu, J.Q., Species delimitation in plants using the Qinghai-Tibetan Plateau endemic Orinus (Poaceae: Tridentinae) as an example, Ann. Bot., 2015, vol. 116, no. 1, pp. 35–48.
9. Su, X., Liu, Y.P., Wu, G.L., Luo, W.C., and Liu, J.Q., A taxonomic revision of Orinus (Poaceae) with a new species, O. intermedius, from the Qinghai-Tibet Plateau, Novon, 2017, vol. 25, no. 2, pp. 206–213.
10. Ghangal, R., Raghuvanshi, S., and Sharma, P.C., Isolation of good quality RNA from a medicinal plant sea buckthorn, rich in secondary metabolites, Plant Physiol. Biochem., 2009, vol. 47, nos. 11–12, pp. 1113–1115.
11. Grabherr, M.G., Haas, B.J., Yassour, M., Levin, J.Z., Thompson, D.A., Amit, I., Adiconis, X., Fan, L., Raychowdhury, R., Zeng, Q.D., Chen, Z.H., Mauceli, E., Hacohen, N., Gnirke, A., Rhind, N., Palma, F.D., Birren, B.W., Nusbaum, C., Lindblad-Toh, K., Friedman, N., and Regev, A., Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome, Nat. Biotechnol., 2011, vol. 29, no. 7, pp. 644–652.
12. Langmead, B. and Salzberg, S., Fast gapped-read alignment with Bowtie 2, Nat. Methods, 2012, vol. 9, no. 4, pp. 357–359.
13. Li, H., Handsaker, B., Wysoker, A., Fennell, T., Ruan, J., Homer, N., Marth, G., Abecasis, G., and Durbin, R., 1000 Genome Project Data Processing Subgroup, the sequence alignment/map format and samtools, Bioinformatics (Oxford, England), 2009, vol. 25, no. 16, pp. 2078–2079.
14. Rozen, S. and Skaletsky, H., Primer3 on the Www for general users and for biologist programmers, Meth. Mol. Biol., 2000, vol. 132, pp. 365–386.
15. Pillon, Y., Johansen, J., Sakishima, T., Chamala, S., Barbazuk, W.B., Roalson, E.H., Price, D.K., and Stacy, E.A., Potential use of low-copy nuclear genes in DNA barcoding: a comparison with plastid genes in two Hawaiian plant radiations, BMC Evol. Biol., 2013, vol. 13, no. 1, p. 35.