ISSN 0564-3783  



Главная страница
Контакты
Публикации  
Тематика журнала
Подписка
Вниманию авторов
Редколлегия
Мобильная версия


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





ASSESSMENT OF THE UTILITY OF TRAP AND EST­SSRs MARKERS FOR GENETIC DIVERSITY ANALYSIS OF SUGARCANE GENOTYPES

Farsangi F.J., Thorat A.S., Devarumath R.M.

 




РЕЗЮМЕ. Метод TRAP та EST-SSR було використано з метою оцінки генетичного різноманіття 55 генотипів цукрової тростини (28 диких типів та 27 сортів). Загальна кількість поліморфних генотипів, ампліфікованих за допомогою TRAP праймерів, була у діапазоні від 7 до 11 при середньому значенні 9 після ампліфікації за допомогою SuSy+Arb2, SAI+Arb1, PPDK+Arb3 та PPDK+Arb2. Було виявлено високий рівень поліморфізму (≥ 50 %), у діапазоні від 78 до 100 % при середньому значенні 87 % для всіх маркерів. Значення інформаційного змісту поліморфізму (PIC) було у діапазоні від 0,11(SuSy+Arb2) до 0,44 (SuSy+Arb3) праймерів при середньому значенні 0,27. Було також виявлено найвищу роздільну здатність (Rp) – 6,9 – в (SAI+Arb1) між дев’ятьма праймерами. Загалом було використано 15 наборів EST-SSR праймерів для ПЦР ампліфікації, було також отримано 179 ампліфікованих фрагментів, з яких 174 були поліморфними. Загальна кількість поліморфних алелів, ампліфікованих різними EST-SSR маркерами, була у діапазоні від 5 (ESSR07 та ESSR10) до 22 (ESSR09), при середньому значенні 13,5 алелів. Було виявлено високий рівень поліморфізму (≥ 50 %), у діапазоні від 83,33 до 100 % при середньому значенні 97,2 % для всіх маркерів. Значення інформаційного змісту поліморфізму (PIC) було у діапазоні від 0,29 (ESSR15) до 0,83 (ESSR04) праймерів при середньому значенні 0,56. Було також виявлено найвищу роздільну здатність (Rp) у 8,55 ESSR05 між 15 праймерами. Дев’ять комбінацій праймерів було використано для роботи з TRAP. Загалом було отримано 85 ампліфікованих фрагментів, з яких 74 (85 %) були поліморфними. Було побудовано дендрограму за використання обох видів маркерів та методу UPGMA з даного дослідження. Таким чином, одночасне використання методів TRAP та EST-SSR дозволило ідентифікувати генетичне різноманіття клонів/варіантів цукрової тростини, які можна використовувати в селекційних програмах з метою покращення її якостей.

Ключевые слова: Sugarcane, Genetic diversity, Molecular assisted selection, PIC, TRAP, EST-SSRs

Цитология и генетика 2018, том 52, № 6, C. 93-95

  • Department of Biotechnology, Savitribai Phule University, Pune, Molecular Biology and Genetic Engineering Division, Vasantdada Sugar Institute, Manjari (Bk), Pune 412307, India

E-mail: rdevarumath gmail.com

Farsangi F.J., Thorat A.S., Devarumath R.M. ASSESSMENT OF THE UTILITY OF TRAP AND EST­SSRs MARKERS FOR GENETIC DIVERSITY ANALYSIS OF SUGARCANE GENOTYPES, Цитология и генетика., 2018, том 52, № 6, C. 93-95.

В "Cytology and Genetics". По возможности, пожалуйста, цитируйте статью по нашей англоязычной версии:
Forough Jomeh Farsangi, Avinash S. Thorat, Rachayya M. Devarumath Assessment of the Utility of TRAP and EST-SSRs Markers for Genetic Diversity Analysis of Sugarcane Genotypes, Cytol Genet., 2018, vol. 52, no. 6, pp. 467–477
DOI: 10.3103/S0095452718060026


Copyright© ICBGE 2002-2020 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 18.02.20