ISSN 0564-3783  



Главная страница
Контакты
Публикации  
Тематика журнала
Подписка
Вниманию авторов
Редколлегия
Мобильная версия


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Профильный поиск сайтов фосфорилирования тубулина кальций-зависимыми протеинкиназами Arabidopsis thalian

Карпов П.А., Новожилов Д.О., Исаенков С.В., Блюм Я.Б.

Оригинальная работа 




На основании анализа 494-х экспериментально подтвержденных сайтов фосфорилирования животных белков кальций-зависимыми протеинкиназами были составлены поисковые профили и идентифицированы потенциальные сайты фосфорилирования α-, β- и γ-тубулина A. thaliana. Анализ отобранных сайтов, сравнение последовательностей и пространственной организации каталитических доменов протеинкиназ животного и растительного происхождения позволили идентифицировать растительные протеинкиназы CPK20 (At2g38910), CPK21 (AT4G04720) и GRIK2 (At5g60550) в качестве наиболее вероятных участников тубулинового кода A. thaliana.

SUMMARY. Based on analysis of the 494 experimentally confirmed sites, phosphorylated by calcium-dependent protein kinases a new motif search profiles were constructed. Applying them to the search in the library of α-, β- and γ-tubulin from Arabidopsis thaliana, a number of potential phosphorylation sites were revealed. Analysis of specified phosphorylation sites, sequence and structural comparison of animal and plant protein kinases, reveal CPK20 (At2g38910), CPK21 (AT4G04720) and GRIK2 (At5g60550) as the most promising calcium-dependent protein kinases could contribute to the plant «tubulin code» in A. thaliana.

РЕЗЮМЕ. За результатами аналізу 494-х експериментально підтверджених сайтів фосфорилювання тваринних білків кальцій-залежними протеїнкіназами було складено пошукові профілі та ідентифіковано потенційні сайти фосфорилювання α-, β- та γ-тубуліну у A. thaliana. Аналіз відібраних сайтів, порівняння послідовностей і просторової організації каталітичних доменів протеїнкіназ тваринного і рослинного походження дозволили ідентифікувати рослинні протеїнкінази CPK20 (At2g38910), CPK21 (AT4G04720) і GRIK2 (At5g60550) як найбільш імовірних учасників тубулінового коду A. thaliana.

Ключевые слова: кальций-зависимые протеинкиназы, фосфорилирование, сайты фосфорилирования, тубулин, Arabidopsis thaliana

Цитология и генетика 2018, том 52, № 6, C. 46-60

  • Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, ул. Осиповского, 2а, Киев, 04123, Украина

E-mail: karpov nas.gov.ua, karpov.p.a gmail.com, novozhylovd gmail.com, stan.isayenkov gmail.com, cellbio cellbio.freenet.viaduk.net

Карпов П.А., Новожилов Д.О., Исаенков С.В., Блюм Я.Б. Профильный поиск сайтов фосфорилирования тубулина кальций-зависимыми протеинкиназами Arabidopsis thalian, Цитология и генетика., 2018, том 52, № 6, C. 46-60.

В "Cytology and Genetics". По возможности, пожалуйста, цитируйте статью по нашей англоязычной версии:
P. A. Karpov, D. O. Novozhylov, S. V. Isayenkov, Ya. B. Blume Motif-Based Prediction of Plant Tubulin Phosphorylation Sites Associated with Calcium-Dependent Protein Kinases in Arabidopsis thaliana, Cytol Genet., 2018, vol. 52, no. 6, pp. 428–439
DOI: 10.3103/S0095452718060038


Copyright© ICBGE 2002-2020 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 26.05.20