ISSN 0564-3783  



Головна
Контакти
Архів  
Тематика журналу
Підписка
До уваги авторів
Редколегія
Мобільна версія


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Профильный поиск сайтов фосфорилирования тубулина кальций-зависимыми протеинкиназами Arabidopsis thalian

Карпов П.А., Новожилов Д.О., Исаенков С.В., Блюм Я.Б.

Оригінальна работа 




На основании анализа 494-х экспериментально подтвержденных сайтов фосфорилирования животных белков кальций-зависимыми протеинкиназами были составлены поисковые профили и идентифицированы потенциальные сайты фосфорилирования α-, β- и γ-тубулина A. thaliana. Анализ отобранных сайтов, сравнение последовательностей и пространственной организации каталитических доменов протеинкиназ животного и растительного происхождения позволили идентифицировать растительные протеинкиназы CPK20 (At2g38910), CPK21 (AT4G04720) и GRIK2 (At5g60550) в качестве наиболее вероятных участников тубулинового кода A. thaliana.

SUMMARY. Based on analysis of the 494 experimentally confirmed sites, phosphorylated by calcium-dependent protein kinases a new motif search profiles were constructed. Applying them to the search in the library of α-, β- and γ-tubulin from Arabidopsis thaliana, a number of potential phosphorylation sites were revealed. Analysis of specified phosphorylation sites, sequence and structural comparison of animal and plant protein kinases, reveal CPK20 (At2g38910), CPK21 (AT4G04720) and GRIK2 (At5g60550) as the most promising calcium-dependent protein kinases could contribute to the plant «tubulin code» in A. thaliana.

РЕЗЮМЕ. За результатами аналізу 494-х експериментально підтверджених сайтів фосфорилювання тваринних білків кальцій-залежними протеїнкіназами було складено пошукові профілі та ідентифіковано потенційні сайти фосфорилювання α-, β- та γ-тубуліну у A. thaliana. Аналіз відібраних сайтів, порівняння послідовностей і просторової організації каталітичних доменів протеїнкіназ тваринного і рослинного походження дозволили ідентифікувати рослинні протеїнкінази CPK20 (At2g38910), CPK21 (AT4G04720) і GRIK2 (At5g60550) як найбільш імовірних учасників тубулінового коду A. thaliana.

Ключові слова: кальций-зависимые протеинкиназы, фосфорилирование, сайты фосфорилирования, тубулин, Arabidopsis thaliana

Цитологія і генетика 2018, том 52, № 6, C. 46-60

  • Институт пищевой биотехнологии и геномики НАН Украины, ул. Осиповского, 2а, Киев, 04123, Украина

E-mail: karpov nas.gov.ua, karpov.p.a gmail.com, novozhylovd gmail.com, stan.isayenkov gmail.com, cellbio cellbio.freenet.viaduk.net

Карпов П.А., Новожилов Д.О., Исаенков С.В., Блюм Я.Б. Профильный поиск сайтов фосфорилирования тубулина кальций-зависимыми протеинкиназами Arabidopsis thalian, Цитологія і генетика., 2018, том 52, № 6, C. 46-60.

В "Cytology and Genetics". Якщо тільки можливо, цитуйте статтю по нашій англомовній версії:
P. A. Karpov, D. O. Novozhylov, S. V. Isayenkov, Ya. B. Blume Motif-Based Prediction of Plant Tubulin Phosphorylation Sites Associated with Calcium-Dependent Protein Kinases in Arabidopsis thaliana, Cytol Genet., 2018, vol. 52, no. 6, pp. 428–439
DOI: 10.3103/S0095452718060038


Copyright© ICBGE 2002-2020 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 09.08.20