ISSN 0564-3783  



Главная страница
Контакты
Анонсы  
Публикации  
Тематика журнала
Подписка
Вниманию авторов
Редколлегия
Мобильная версия


In English

Export citations
UNIMARC
BibTeX
RIS





Определение молекулярных подклассов глиобластом на основе анализа экспрессии генов

Дмитренко В.В., Ершов А.В., Стецюк П.И., Лиховид А.П., Лаптин Ю.П., Шварц Д.Р., Меклер А.А., Кавсан В.М.

Оригинальная работа 


[Free Internet Supplement]  

Две группы глиобластом, отличающихся между собой по уровню экспрессии 416 генов (Р ≤ 0,05), определены с применением математической модели в форме линейного булевого программирования на основе наявных в базе данных Gene Expression Omnibus (GEO) по экспрессии генов в глиобластомах, полученных с помощью анализа микрочипов. Уровень экспрессии 15 генов более чем в два раза выше в первой группе глиобластом (80 образцов) по сравнению со второй груп пой (144 образца), а 401 гена – более чем в два раза ниже по сравнению со второй группой. Из 15 генов, уровень экспрессии которых преобладает в первой группе глиобластом, 10 кодируют белки, вовлеченные в регуляцию клеточного цикла и пролиферации клеток. Значительную часть 401 генов составляют гены, которые кодируют белки, вовлеченные в функционирование нейральных клеток и принимающие участие в таких процессах, как синаптическая передача, нейрогенез, образование миелиновой оболочки и аксонов. Карта Кохонена, построенная на основе данных 15 генов, уровень экспрессии которых превалирует в первой группе, и 60 (из 401) генов, уровень экспрессии которых выше во второй группе, подтвердила существование двух групп глиобластом со специфическими профилями экспрессии генов. Разделение глиобластом на две группы может отражать двa пути развития астроцитарных глиом, один из которых приводит к образованию опухолей с более высоким уровнем экспрессии генов, белковые продукты которых вовлечены в регуляцию клеточного цикла и пролиферации. Вместе с тем существование двух молекулярных вариантов, возможно, является отражением различных стадий развития глиобластом.

Дві групи гліобластом, що відрізняються між собою за рівнем експресії 416 генів, визначено із застосуванням математичної моделі у формі лінійного булевого програмування на основі даних по експресії генів у гліобластомах, отриманих за допомогою мікроарейного аналізу і наявних у базі даних Gene Expression Omnibus (GEO). Рівень експресії 15 генів у понад два рази вищий в першій групі гліобластом (80 зразків) порівняно з другою групою (144 зразки), а 401 генів – у понад два рази нижчий порівняно з другою групою 10 з 15 генів, рівень експресії яких переважає у першій групі, кодують білки, залучені до регуляції клітинного циклу та проліферації клітин. Значний відсоток 401 генів складають гени, що кодують білки, залучені до функціонування нейральних клітин і беруть участь у синаптичнiй передачi, нейрогенезі, утвореннi мієлінової оболонки та аксонів. Карта Кохонена, побудована на основі даних 15 генів, рівень експресії яких превалює у першій групі, та 60 з 401) генів), рівень експресії яких підвищений у другій групі, підтвердила існування двох груп гліобластом із специфічними профілями експресії генів. Розподіл гліобластом на дві групи може відображати двa шляхи розвитку астроцитарних гліом, один з яких призводить до утворення пухлин з високим рівнем експресії генів, білкові продукти яких залучені до регуляції клітинного циклу та проліферації. Існування двох молекулярних варіантів, можливо, є відображенням різних стадій розвитку гліобластом.

Ключевые слова: сигнатура экспрессии генов, глиобластома, классификация опухолей, «пролиферативный подтип», «пронейральный подтип»

Цитология и генетика 2014, том 48, № 6, C. 45-55

  • Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев
  • Институт кибернетики им. В.М. Глушкова НАН Украины, Киев
  • Санкт-Петербургский государственный университет телекоммуникаций им. проф. М.А. Бонч-Бруевича

E-mail: dmitrenko55 gmail.com

Дмитренко В.В., Ершов А.В., Стецюк П.И., Лиховид А.П., Лаптин Ю.П., Шварц Д.Р., Меклер А.А., Кавсан В.М. Определение молекулярных подклассов глиобластом на основе анализа экспрессии генов, Цитология и генетика., 2014, том 48, № 6, C. 45-55.




Copyright© ICBGE 2002-2017 Coded & Designed by Volodymyr Duplij Modified 25.09.17